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Test 9 — Secondo organismo (incompleto)

Package completo C. elegans + Drosophila + FlyWire per replica end-to-end. Connessioni FlyWire da scaricare separatamente.

Aggiornato il 25 aprile 2026· Alessio MarroneCC-BY-SA-4.0
#tesseract#bridge-signature#replica#flywire#incompleto
Scaricazip· 8.0 MB

Cosa testa

Confezionamento finale del programma su due organismi: package end-to-end con script, dati C. elegans completi, dati Drosophila Central Complex, e annotazioni FlyWire native per riprodurre l'intero pipeline a scala di cervello e di regione. Il test definisce il protocollo operativo per estendere la validazione a un terzo organismo (umano, regionale).

Risultato

Il package include:

  • bridge_signature_definitive.py — pipeline unica per entrambi gli organismi
  • NeuronConnect.xls — connettoma C. elegans (Varshney/WormAtlas)
  • elife-95402-supp2-v1.xlsx — atlante neurotrasmettitori eLife 2024
  • flywire_neurons.tsv — 32 MB di annotazioni neuronali FlyWire
  • RESULTS.md, CENTRAL_COMPLEX_RESULTS.md, DROSOPHILA_REGIONAL_RESULTS.md, FLYWIRE_PARTIAL_RESULTS.md, BRIDGE_SIGNATURE_STATUS.md — report dettagliati per ogni passo (globale, regionale, parziale)

Lo stato è incompleto by design: il file delle connessioni FlyWire (flywire_connections.feather, ~812 MB) supera ogni budget di hosting ragionevole e va scaricato separatamente da Zenodo, come indicato nel README del package. Tutti i risultati statistici (p-value, sovra-rappresentazione, direzioni) sono già pre-calcolati e disponibili nei report.

Cosa significa

Il programma chiude qui come proof-of-concept replicabile. Chi vuole verificare le statistiche del Test 8 con i dati FlyWire al loro livello nativo trova script + annotazioni + report; chi vuole estendere a un terzo organismo trova un protocollo già adattato per organismi grandi (analisi per regione, non globale). L'estensione naturale (umano regionale, altre regioni di Drosophila, formalizzazione del protocollo multi-scala) è lasciata aperta.

Materiale

  • BRIDGE_SIGNATURE_COMPLETE.zip — package completo (8 MB) con script, dati C. elegans, atlante eLife 2024, annotazioni FlyWire, e cinque report markdown

Posizione nella sequenza

Nono e ultimo test. Chiude il programma con un package riproducibile che include sia il successo C. elegans (Test 7) sia la replica Drosophila Central Complex (Test 8). Il report finale sintetico allegato all'overview riassume i risultati dei nove test in una pagina.

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